女神轉世聖嬰被供養在女神殿，女神殿與教皇殿相通，聖鬥士星矢撒加意圖借此機會殺死女神轉世，進而便可假傳女神之名統領大地。在撒加謀劃多時後，他終於舉起了黃金匕首刺向女神聖嬰。聖鬥士星矢神的命運終非凡人所能左右，在黃金匕首重重落下的千鈞一發之際，艾俄洛斯出現了。在原著中，只有較短篇幅對這一重大事件進行了敘述，對艾俄洛斯被追殺的整體過程並無太多展示。在整體劇情中，聖鬥士星矢將分為多個段落，每個段落中，玩家將負責擊退洶湧襲來的追兵、精怪等大量敵人。在敵人的瘋狂圍剿後，將會出現不同星座的白銀聖鬥士作為段落關卡對玩家進行更加猛烈的新一輪攻擊。最終段落關卡中，聖鬥士星矢摩羯座黃金聖鬥士修羅強勢襲來，一場關系大地未來的戰鬥就此震撼上演。鳳凰座是浴火重生的星座，想要成為鳳凰座聖鬥士必要經過一番如置身地獄的訓練。聖鬥士們修業期滿，紛紛回到東京。此時以身為城戶財團執掌者的城戶沙織在銀河競技場舉辦了以爭奪射手座黃金聖衣目標的聖鬥士競技比賽，星矢等人悉數上臺對壘。聖鬥士星矢在比賽進行到一半時，一輝率領暗黑聖鬥士對銀河競技場進行了突襲，並搶走了射手座黃金聖衣。一輝帶領暗黑聖鬥士棲居與富士山十風穴內，並召來暗黑四天王，對前來奪回黃金聖衣的星矢等人進行迎面阻擊，一場兄弟間的殘殺自此展開。副本內，玩家將向洞穴頂部漸次前進，前進過程大緻分為四個階段。每個階段中，除迎戰紛至遝來的暗黑聖鬥士外，還將在階段關卡出正面對決暗黑天馬、聖鬥士星矢暗黑白鳥、暗黑天龍、暗黑鳳凰這暗黑四天王。暗黑四天王除擁有相對星座招式外，其招式的減緩、續燃、傷害疊加等附屬特質，更將令玩家埳入殊死瘔戰之中。

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